此瑜伽經大分為二：初偈頌總相歸讚、次長行等自他利行。於諸頌中復分為二：初偈四句普歸命三寶(應知)、次下別歸聖會。於中復為二：先十句歸命五分如來、後十句歸四大菩薩。初十句中，金剛身語意等四句歸讚毘盧遮那佛、次雄猛阿閦已下六句歸四方如來(應知)。後十句歸四大菩薩，於中初二句讚禮金剛藏菩薩、次二句讚禮虛空藏菩薩、第三兩句讚禮觀世音菩薩、第四兩句讚禮毘首羯磨菩薩、第五兩句結德總歸(應知)。此上兩句等，西方集瑜伽者大阿闍梨先以勝相讚禮置之經首，一切經首皆隨彼門先安讚禮偈，此方先德略而不譯(應知)。次我今於百千頌金剛頂等總四十字，述經題目。此經有百干頌廣本，非此土所聞，竝是諸佛大菩薩等甚深祕密境界相，亦非聲聞緣覺及人天小智之所聞知。此地«梵網經»兩卷，從此經中出淺略之行相也，其中廣相，根未有堪。此略瑜伽，西國得灌頂者說授相付，而其廣本亦不傳之。其百千頌本，復是菩薩大藏經中次略也。其大經本，阿闍梨云經夾廣長如床，厚四五尺，有無量頌，在南天竺界鐵塔之中。佛滅度後數百年間，無人能開此塔，以鐵扉鐵鎖而封閉之。其中天竺國佛法漸衰，時有大德先誦持大毘盧遮那真言，得毘盧遮那佛而現其身及現多身，於虛空中說此法門及文字章句，次第令寫訖即滅，即今«毘盧遮那念誦法要»一卷。是時此大德持誦成就，願開此塔，於七日中遶塔念誦，以白芥子七粒打此塔門乃開。塔內諸神一時踊怒不令得入，唯見塔內香燈光明一丈二丈，名華寶蓋滿中懸列，又聞讚聲讚此經王。時此大德至心懺悔，發大誓願，然後得入此塔中，入已其塔尋閉。經於多日讚此經王廣本一遍，為如食頃，得諸佛菩薩指授所堪，記持不忘，便令出塔，塔門還閉如故。爾時書寫所記持法有百千頌。此經名金剛頂經者，菩薩大藏塔內廣本絕世所無。塔內燈光明等至今不滅，此經百千頌本此國未有。此略本至此土者，於開元之初金剛菩提三藏阿闍梨云：「我從西國發來，度於南海，其有大船三十餘隻，一一皆有五六百人，一時同過大海。行至海中逢於大風，諸船及人竝皆漂沒，我所附船亦欲將沒。爾時兩本經夾常近於身受持供養，其時船主見船欲沒，船上諸物皆擲海中，當時怖懼忘收經夾，其百千頌亦擲海中，唯存略本。爾時我發心念作除災法，大風便止，去船周迴可一里餘風水不動。船上諸人皆歸於我，漸漸發來得至此岸來到此國。於開元七年中至於西京，一行禪師求我灌頂，聞有此異希有法門，乃令伊舍羅譯為漢文，一行等乃親自筆受，一依梵本次第而述，其意不失、句義未圓。」此以竊觀，諸修行者縱有尋讀莫知所從，又淺智愚識亦為難入。今以此承旨授頗得其趣，祕密之旨略在文言，屬法流行，強開方便分別門，標其旨歸。
即此經長行自他利行中復分為二：初從若修行者下乃至修習瑜伽結加已來，總門，為祕密莊嚴內證大智，見法成就得如來處，自利也。第二從修習瑜伽下至經末，已入總門，為善巧建立祕密智相，攝取眾生令入佛位，利他行也。亦可通為一門，竝皆俱有自他利行也。於前自利門中復分為三：第一從初乃至或大菩薩坐結加已乃至隨意作之等，總是三業四儀淨除業障法；第二從行者欲自清淨下乃至復自思惟所持祕密明至已來，總是入智三摩地門諸佛境界實相智印法；第三從復自思惟下乃至修習瑜伽已來，總是融愚入智成等正覺住大菩提法。於第一門中而為頌曰：
師資共受行， 攝引勸修法，
次初起行住， 加持語門法，
洗面嚼齒木， 便易結護法，
𡂖口洗浴法， 并浴部尊法，
想嚴身內外， 次入道場法，
普禮懺隨向， 別歸獻願法，
隨樂四威儀， 除增降壞法。
第一師資共行勸修等行法者，此中六段：第一簡器教授，經從「若修行至護摩等法」是。第二發心利益，經從「金剛弟子至一切罪障皆得消滅」等是。第三攝取邪見，經從「或有眾生深入至離惡趣故」等是。第四勸修得益，經從「若善男子至所求者」等是。第五付囑所堪，經從「金剛阿闍梨若見有人至信令發其心」等是。第六示居勝處，經從「其作法處應在勝地至如法修行」等是。此之六段，釋述無量，恐繁不委應知。
頌「初起行住法」者，經從「凡修瑜伽者每於眠寢乃至一切眾生應廣利益」等，此名初起法。釋曰：謂修習瑜伽者，常想自身常為普賢金剛身，若寢息時想入金剛三昧，謂心寂靜如入涅槃，當想自身為五智印相而有光焰圍繞，然後隨意寢意也，是名身三昧想應。若起時想從金剛三昧起，故此祕密義云金剛生起也。拔折羅者，金剛三昧相名。底瑟吒者，生起義。唵者，諸佛法界頂。此是祕說，而其妙觀唯以口傳。其印名金剛三昧，金剛三昧名為覺者，了知諸法自性清淨離於自性，因業所轉種種變異，故令思惟伽陀義也。既知此義，行饒益行，故云應廣利益等。
經云「若起欲行及真言」等，此名行法。釋曰：所謂行三昧也。其祕密義云金剛三昧行步也。
經云若住此處及真言等，此名住止法。釋曰：祕密義者，止住金剛三昧也。唵義如上，下亦準之。
頌云「加持語門法」者，經云「欲共人語及真言」等。釋曰：以囕字法界心置於舌端，想放種種光明，復以真言而用加持言音。若聖人祕密義者，金剛三昧聖力聲也。
頌云「洗面嚼齒木」者，經曰「若洗面時及真言乃至皆生歡喜」等。釋曰：此水從金剛三昧出生，以用洗面，面如金剛，諸魔不敢正視也，一切如來皆悉歡喜。
次嚼齒木法者，經云「若嚼楊枝時至加持然後嚼之」等。釋曰：若如法作者，能令行人成就金剛微咲三昧，故祕密義者謂佛德。金剛咲三昧加持，故云能破一切煩惱及隨煩惱。以觀羽作金剛拳者，以右手急握大指并把楊枝即是。
頌云「便易結護法」者，經云「若欲往便易處即以左右手作甲冑印乃至出洗淨訖」等。釋曰：此經闕金剛甲冑印也，今以敘之。其甲冑印者，先以二手合掌當心，即以二頭指附二中指背，二大指竝竪捻二中指中節文即是。真言曰：
唵拔折囉迦伐遮吽
祕密義者，被佛德金剛三昧甲冑，以用加持。以此祕明印，印身二肩左右脇腰髀等，想之自身如被甲冑。復以印置於頂上，各分為二金剛拳。拳者，頭指已下四指各握大指。頂上竝拳以即直竪二頭指如針鋒，頭相跓，想為頭鋒。復分手緣二肩下至心上，以頭指相跓，即以唵啅吽(二合)二字加二頭指，想二頭指出五色光成金剛帶，然後於身上下遍繞如繫甲狀，是名莊嚴甲冑法，如經所說。次加持土，復住法界心，左右金剛護，所謂此三字護身，放大光焰赫熾外發。復以明印而用加持，印相如經，故云三界所有諸惡皆得消滅。若不能用前明印，唯誦後一切通用祕明亦得。若二俱，寂勝。後之真言兼用前印，一切處用結護(應知)。
頌云「𡂖口洗浴法」者，經云「以此祕明加持金剛水及真言至𡂖口訖」等。釋曰：祕密義者，佛德金剛大悲三昧水淨持口穢，令口業清淨，寂智門開發也，是名𡂖口法。
次洗浴法者，經云「便當洗浴洗浴者有四種每日隨意乃至隨能任作」等。釋曰：一具持三種律儀者，謂令住三三昧，顯發三身故。二禮懺發露等者，謂淨除業障，得無礙智故。三結印供養言，謂令諸佛歡喜，增福壽命故。四以香水洗浴者，謂令支分柔軟，合法性故。隨此修行是洗浴義也，思之可解。三律儀義，廣如別經所明。
頌云「并浴部尊法」者，經云「若入池水浴時先想為諸天歡喜池，於水中央想有如來最勝上輪壇，乃至想彼輪漫荼羅盡入己身中」等。釋曰：想五字等為種子，出生各各部會尊眾等，即以香水滿掬以為供養等。其掬水法，經不具明，今以具述。先以竝兩手側著如掬物勢，以二大指入於掬中，三度向外撥水令至尊所，想灌尊儀一一別浴，或普想都浴之，餘文可解。
頌云「想嚴身內外」者，經云「如是想已出立岸上乃至祕明真實義理」等。釋曰：如常束帶者，隨自莊嚴。又以頭冠等莊飾其身者，經無此印，今更敘之。以二手右押左向外相叉，二中指頭相跓如蓮華葉，舉安頂上，即便各為金剛拳，分手從頭兩畔向下緣身散之，想成鬢帶及天衣等。結印時復誦此真言曰：
唵拔折羅鉢踏摩呵毘詵者三漫多嚩日哩
祕密義者，謂佛德金剛蓮華冠於我心頂上也。作是法，隨樂本尊想合一體，然後想執拔折羅等，乃至祕明真實義理等，隨自持者思之。餘文可解。
頌云「次入道場法」者，經云「然後往道場所欲入之時乃至擗諸不祥」等。釋曰：如上𡂖口真言是。結止羽拳者，左手握大指為拳，兼出金剛聲，以拳闢門令開也。嗔怒眼者，慈心圓晴左右傍視也。
頌云「普禮懺隨向」者，經云「入已正念十方常住乃至如法作已」等。釋曰：此初入時，普皆想禮毘盧遮那法界常住會也。此合有懺悔、勸請、隨喜、迴向等法，闕者為略。修瑜伽者常住金剛身語意，即旋入普賢遍一切行願身。此法滿故，故不廣列之，若有樂者隨意所作。五體及䠒跪等可解。
頌云「別歸獻願法」者，經云「即從座起復以右膝著地乃至於四方如上作法禮已」等。釋曰：此有四義。一為成就一切諸佛金剛普賢行位故；二為成滿一切諸佛金剛灌頂位故；三為速令成就一切如來轉法輪位故；四為同得一切如來金剛善巧業用故。此四種三摩地，或一時運入、或次第入、或隨樂入一。隨作已時，皆先結初金剛三昧耶已，然後合掌隨方作禮。其真言祕密義者，謂佛德金剛三昧最勝也，故令先結其印，如經所說。尊重禮拜等，餘文可解。欲入四種三摩地門，先總舉、次別列。經「又應以身至各禮一拜」等，總舉也，其義可解。
第一金剛普賢三昧者，經云「於其東方全身著地及真言乃至哀愍加持」等。釋曰：其祕密義者，想於東方盡虛空界，純以金剛而為莊嚴，名曰金剛莊嚴藏世界。於中如來滿世界中，如一切世界微塵數。一一如來皆入金剛三昧，結加趺坐，展垂右手於右膝上，橫仰左手於趺上。一一如來皆有執金剛等諸大菩薩而共圍繞。即運自身心於一一諸佛及諸菩薩前承事供養，復想一一身中出生無量上妙香華及種種供具，復想己身成金剛座等而奉獻之，令心眼見了了分明，佛菩薩等而為納受。爾時行者於三昧中便作是願：願一切如來金剛薩埵守護於我，以此金剛三昧加持我身，所謂吽字。若能如是入者，速得金剛普賢三昧也。
第二灌頂位者，經云「又金剛合掌置於心上面向南方及真言乃至與我灌頂」等。釋曰：其祕密義者，作金剛合掌一心歸命，想於南方盡虛空界，純以妙寶而為莊嚴，名曰寶光明藏世界。其中如來遍滿世界，如一切世界微塵數。一一佛所皆想有虛空寶藏菩薩寶幢等無量菩薩而共圍遶，其諸如來等皆入寶光明三摩地。所謂結跏趺坐，仰右手於臍上現掌向外，於其掌中現妙寶相，左手橫仰安加趺上。所居宮殿皆大寶莊嚴，諸菩薩等各執寶幢及雜寶供具，了了分明。復運想自身奉獻等，一一如前說。爾時於三昧中便作是願：願一切如來及金剛寶等菩薩，以寶三昧灌於我頂。爾時即便想見佛菩薩等，一時俱以寶性光明而為灌頂，如是行者應時即滿灌頂之位。莫作是念：「我是凡夫也，云何即是諸菩薩灌頂位耶？」何以故？與寶光明三昧等一性故。
第三法輪位者，經云「又以金剛合掌置於頭上及真言乃至為我轉金剛法輪」等。釋曰：其祕密義者，合掌歸命一心西向，想於西方盡虛空界，純以淨妙金剛寶蓮華而為莊嚴。復想一切如來及觀自在、文殊等大菩薩眾圍遶說法。想一一佛菩薩等，如一切世界微塵數。一一佛結加趺坐入於三昧，諸菩薩眾各執蓮華，華中有法輪及法螺等，了了令見。復想自身供養承事等如上。爾時於三昧中便作是願：願諸如來及金剛法華輪菩薩等，以此三昧灌於我頂。是時行者即便想見佛菩薩等法輪光明而為灌頂。入是觀時應時即授一切諸佛轉法輪位，便能轉於一切法輪，勿生疑念。
第四諸佛業用者，經云「又以金剛合掌從頂下置於心上及真言乃至為我作金剛事業」等。釋曰：其祕密義者，合掌歸命一，心思惟北方種種妙莊嚴世界盡虛空界，種種雜色華鬘瓔珞音樂歌讚奇妙佛事而為嚴飾。復想一切如來及菩薩眾，如一切世界微塵數，廣大眾會而為說法。又想自身於一一如來等所承事供養等如上。爾時於三昧中，一一身口意當發是願：唯願一切如來金剛業等諸菩薩眾，以種種業用佛智光明灌於我頂。應時想見佛菩薩等以此光明而為灌頂，是時行者入是觀時，便得無礙業用佛智光明三昧，能於十方一念一時廣作佛事。如上次第，如廣經所明。此經略故，隨義述之。應知此法門入者甚難，若住初方及餘三方，隨一增上餘方皆劣。若入如來部，一時圓滿亦無勝劣。
頌云「隨樂四種儀，除增降壞法」者，經云「於四方如上作法禮已隨行者所欲，乃至或大菩薩半結跏趺隨意作之」等。釋曰：此門有四種差別法，今廣料簡。一為除滅災害，謂行人修福，多被諸惡鬼神而作障惱，令其功德福業破壞不成。欲盛建立，先後俱作護摩等法。壇法者，壇爐皆圓，坐亦如之，壇相白色。身居華座，其心寂靜以誦真言。其柴用樹半已上者，橫量十指或以八指，齊頭截之。木用甘菓李子、牆微迦耽婆木(未詳)等，但有甘菓樹木皆充此用。有香之華及白檀、香蘇乳麥麨乳粥茅牙竝充火用。衣著茅服。其焰相者，先起赤焰、次如金色、復如融金色或如燈明，時時變色。又如牛蘇焰色潤澤，或如辮索條列相次。有此相者，當知作法所求之願皆得成就。又相者，盛出香氣熾焰無聲，或焰上重焰如赤金色，或焰頭分散如傘蓋形，是名第一相。又聲者，如牛聲，又如螺貝雷鳴等聲，又人所樂聞之聲。餘諸聲色等，應知障礙，不得成就。第二增益者，所謂行者成就三昧開發智力，爾時多有內障，煩惱所覆愚闇所遮，不能進修，縱經多時勤苦不止，佛菩提智終不可得，是故應修增益護摩。增爐俱方，而作黃色。結跏趺坐於茅草(此經坐蓮華坐別耳)，慈心念誦歡喜顧視。衣以芻麻而作法事。其木相者，取樹中心肥枝如生之柴。蘇乳酪蜜，又乳粥酪飯胡麻稻穀，及三白食，勝妙黃華龍華香等，天水香香附子天門冬尾盧婆果等，而充火用，而作護摩。柴長十二指，齊頭截之。爐深一肘，四方作之，廣亦如是。起四重緣，如法泥飾。此誦大願解脫出離法。成就之相，如上所說第一好相等是。第三降伏法者，謂行道之人須有威勝，彼不降伏愛樂歸依法輪難轉，是故應修此護摩法。壇爐俱方，而作赤色。疊以雙膝如賢之坐，亦可如經蹲坐，臀不著地也。衣以赤服。其心超踴而誦真言。其所用木，於一樹中直上獨生，出過餘枝無橫生枝，橫量十二指，齊頭截之。應用有乳汁者，謂桑穀之類，又以乳酪蘇蜜及三白食，及七穀種子胡麻稻穀之屬，用紫檀香赤色華蘇合安悉薰陸等以充火用。其相如上。又說如上所不堪之木，樹上乾枯無皮，短曲瘦惡經剝皮者，或太長太麁、曾被斧斫破、有瘡病者皆不堪用，若作第四法則得用之。又說如上火惡相者，其火氣冷又無潤色，火星迸出其焰如煙或焰射入灰中，又出臭氣或無煙焰，又焰和燼起復入於地。有是相者，當知內外人鬼障礙，或是煩惱業等諸障不滅。得是相者，當須改修作前初法。若作第四法得此相者是名成就，順惡法故。第四破壞法者，或有人言：諸佛菩薩具大慈悲，云何教諸眾生作斯惡法？答：諸佛菩薩說此法者，為智者說，不為愚人。所以然者，佛滅度後多有惡人，恃大勢力順於邪道，不信正法破滅三寶住持之相，令諸眾生失涅槃眼。悲哉可愍，以此法治。菩薩之心行此法者，為利益故有大功德。審觀無利，起於惡心損害眾生，獲大重罪，佛所制之不令輒作。若修三昧人，遠離憒閙心常寂靜，觀於三寶性相常住，住三昧處入佛境界，成就智用作大佛事，摧壞之法自然成就。其此法者，壇爐俱黑，三角為之。所用香華皆悉臭黑。柴用棘㓨屈曲之木，樹根傍生無枝苦惡駝騾之糞以為燒香，爐土相和充為火食。白芥子油或用脂血以為燈明。用骨髮棺木等，長六七指，尖頭截之。著青黑衣或血塗衣。瞋怒蹲踞，如經所說。而作火食，惡相現時，法即成就。又案瑜伽大祕密教中說，祕密火法相，應有二十種。云何為二十種？此二十種從三法出，所謂一者扇底迦、二者布瑟致迦、三者阿毘遮羅迦。能除一切罪、圓滿功德，身寂靜不可壞，是名扇底迦(此中四法)。諸願力速成、增長財命等、一切自調伏、見者皆敬念，種種相端正，遊行虛空中，成就雄黃等，是名布瑟致迦(此中九法)。禁縛摧滅等，降伏諸難，調怨家及魔鬼，是名阿毘遮羅迦(此中七法)。是名二十種護摩法(此中更廣一百一十種火法，祕而不譯)應知。復說二十種爐相。若欲攝一切，爐內作金剛杵相。若欲調伏惡人等，爐內作蓮華相。若欲除一切罪，其爐圓作，須作門，爐內作寶相，門亦如是。若欲種族得增長，爐內作羯磨印相，謂三股十字形。若為長命色力，爐內置甲，周迴牆渠等。若欲積聚一切財物，爐內作牙印。若欲一切善好成就處處安樂，爐內置輪形印，如車釭相，爐四邊亦如輪相。如是二十種印次第置，如後壇印等。是或置種種諸印，隨彼成就。又於爐外莊嚴相者，其爐先以繩量四肘，四邊安置界道色地，或方或圓或如蓮華，四面平正。四門漸為階級，門之八分畫網及半月形，近門階級處作金剛夜叉形，如法畫之。於爐外東面畫萬字胡旋子澡鑵鹿皮等，南面畫螺捧月刃刀馬師子野猪等，西面畫半月形妙髮髻印牛幢印等，北面畫銅磬子幡孔雀羊鷄等。復於四門以金剛印等莊嚴，東門安金剛熱惱印，南門安金剛寶印，西門安金剛蓮華印，北門安金剛唬迦羅印。又置十六大印等。四角竪柱，莊嚴華樹。如法布置，供養於佛。佛金剛智大方便法能除諸惡，若有見者滅一切罪。作是法時，即想自身為觀世音或執金剛，復自想戴頭冠，冠中有佛及金剛杵等，或復有寶隨於本法，令心堅固。觀世音者，即一切諸佛淨妙法身智也。執金剛者，即一切如來諸菩薩等堅固菩提心也。以六波羅蜜諸佛淨戒大色而畫。六根清淨相應，面向東方作如上法，是名最勝佛菩提扇底迦法。餘法思惟準可解。若布瑟致迦，用金剛寶法。若阿毘遮羅迦，用金剛瞋法。復次以金剛甲攝一切法。以金剛長命藥印命行者長命足力，以金剛吉祥印積集一切財物，以金剛甲印護身，用金剛成就印乘空而行，以大蓮華藥印成就一切財物，成就一切法壇用金剛壇印，成就一切吉祥用金剛王印。以左手執印，右手燒火。復次若欲家宅增長，以甘美木為柴及以粳米燒之。若欲一切資具圓滿，以七穀子或七寶等相和燒之。若欲最勝擁護，用甘美木及茅草莖塗油燒之。若欲長命，以甘美木及俱盧草和蘇及菓子等，以左手結執金則棒印，右手燒之。若欲調伏惡人，用苦練棘針白芥子及牆土燒之；若以醋苦菓子等燒之，一切怨者遠去。若欲一切歸信伏從，以紫檀木及赤華燒之。若欲所使者皆依命不敢違，用苦棘木，極須瞋想為之。若欲成就一切法取，白芥子燒火，即得吉祥最勝。已上淨除業障內外光澤法竟。
次下第二入智三摩地諸佛境界實相智印法。而為頌曰：
自他欲清淨， 兼除垢障法，
次入三摩地， 堅心通智法，
先持三摩耶， 次結堅智法，
見法及極喜， 字為智門法，
祕印開心殿， 攝入菩提法，
智印法身字， 堅牢菩提法，
大力祕印明， 護身摧障法，
結蓮華三昧， 隨樂部尊法，
想依智種子， 嚴成佛會法。
初頌云「自他欲清淨」者，經云「行者欲自未清淨及真言乃至亦自性清淨」等。釋曰：長行經可解其義。祕密義者，先以思惟佛功德身清淨境性，即了一切諸法自性清淨。了一切法自性清淨故，此一切清淨法性入我身中，我同法性，是故清淨(餘可知)。
頌云「兼除垢障法」者，經云「復應思惟是諸眾生及真言乃至息心攀緣勿令散亂」等。釋曰：此中三段。初段長行可解。其祕密義者，佛智德藏一切如來各已成就，諸有情類皆有此藏成就，亦等願諸如來遍皆建立為作加持，令諸有情皆得解脫，故云作是思惟能除一切障礙等。二經云「又作是念凡所障者乃至憶念菩提心」等。釋曰：三垢所纏實難除斷，佛智菩提一念相應即便滅盡。廣讚菩提心，如«華嚴»等。此經所說，直入直修直滿直證，即於此生得如來地，善巧智故。三經云「又諸世間一切眾生乃至無量差別」等。釋曰：眾生妄業所熏、邪網所覆，見善知識翻成怨對、聞甘露法謗讟俱興，造種種惡業、受種種苦身，猶如工巧能成眾相，自造自怖不知自致其然。如是眾多，故云種種妄想工巧所成無量差別。
頌云「次入三摩地」者，經云「見諸眾生有如斯過乃至勿令散亂」等。釋曰：餘文可解。此中云阿婆頗那伽者，阿之言無，婆頗那伽者識也，三摩地平等持也，伽者身也，應云無識身平等持也。入此定者，能治攀緣散亂等障，故云不應動心及身支節。脣齒俱合兩目似閉，息心攀緣，勿令散亂也。問曰：入此定者有何利益？答曰：若內識散亂、外塵所牽，識隨諸塵起種種妄見，隨見隨念即為無量諸垢之所纏縛，以是因緣淪溺生死，故以此定而止息之。又問曰：此定唯止識不起，不與世塵而相和合。如諸佛境界，出世實相百千三昧，出入自在動不動等，入有不有、入無不無，有無常一，一即無量、無量即一，而復熾然廣大建立，常住其中不礙不沒。如是智用勝妙功德，自他利行云何得之？答曰：前之定門漸學大乘及小乘等，及於外道同由此定，小乘以之為畢竟，外道不深各各有異。漸學大乘者以為方便，息攀緣故。若頓入者亦不由之，一切色塵為佛事故、色相境界智所轉故、智性無礙無量用故。若怖於塵境、愛樂空寂，智無所用，愚拙之深網也。如此之徒其類非一，或作聲聞或為外道，悲哉可愍痛惜之甚。是故佛說其智慧門難解難入，一切聲聞辟支佛所不能知。若欲入者，如下經中廣宣說耳。
頌云「堅心通智法」者，經云「諦觀虛空無量諸佛及真言等乃至常得隨順」等。釋曰：欲入智門當觀智相，欲成智用加於智種。是以仰觀諸佛身加唵字，唵字者佛德藏也。又以眼置麼吒字令智慧明發，智慧明發故諸佛所讚，故云常得隨順等。於中可解。其加持真言，祕密義者，所謂佛德金剛三昧智慧眼也。以此三昧通智慧門，能令智慧內外和合，誰不降伏？誰不隨順？故悉帝耶等尚得隨順。悉帝耶者，無情物等。共祕此名，故不顯說也。
頌先持三昧耶者，經云「作此法已即結三昧耶及真言乃至是名金剛合掌」等。釋曰：所以結此明印，謂自智器開發，與佛智同光，彼此和合，一味無二故。此明印能和合之。其祕密義者，名佛德金剛三昧合也。其印相，如經所說可解。
頌「次結堅牢智」者，經云「又即此印諸度盡本及真言」等。釋曰：此明印者能成就智身，智雖和合當令成就，是故以此而加持之。祕密義者，金剛三昧牢結縛也，欲令成就不可壞故。
頌「見法及極喜」者，經云「又如金剛縛及真言乃至佛子等祕印」等。釋曰：佛我智合。復已堅牢成法界宮，自性圓滿，即以明印而顯發之，由明印力了見實相，此名見法三昧耶印明也。其祕密義者，三昧耶者，等引也，平等引發令明了見故。薩怛梵(三合)者，入我等我入等也，一性相故(下皆準此)。佛以此明印加持有情，能令覺悟，故名佛子。
頌「見法及極喜」者，經云「又結極喜印及真言乃至度如針是」等也。釋曰：由前加持了見智性無與等故，念持希有便入極喜三昧，即以明印而用加持，故名極喜三昧耶。祕密義者，薩怛梵(三合)者，我入入我。護者，喜躍也。蘇囉多者，妙極也。三昧耶者，等引也。謂等引入我我入彼等喜躍妙極也。佛加持故，智印印之。印如經說可解。
頌「字為智門法」者，經云「復結金剛縛印乃至為心門戶」等。釋曰：以法界智相堅明無際將嚴其德，非門不從，故以怛羅(二合)吒字為心門戶。字性寶體，光為其門，若欲開者加於智印，是故即結開門印也。
頌「祕印開心法」者，經云「三遍誦此祕明三摩心上及真言乃至有大殿堂」等。釋曰：印相可解。其祕密義者，佛德金剛堅智印能開智寶門。怛羅吒者，寶門也。
頌「攝入菩提法」者，經云「復想面前有一闇字及真言乃至句義皆自悟了」等。釋曰：智門開已當嚴智德，即便攝入菩提種子，所謂闇字也，故云諦觀字上遍有光明輝赫照曜也。諦想成就便當攝入，故云結金剛召入印。是印力故，佛德菩提安住心殿。既安住已了了明見，猶如月輪普照法界，是名智德菩提相。其祕密義者，謂佛德金剛三昧中安菩提種也。謂明見闇字變如月輪住心殿中。其印如經所明也。猶智德菩提住心中故，故云能了過去未來現在，乃至皆自悟了等也。
頌云「智印法身字，堅牢菩提法」者，經云「復結金剛拳及印相乃至意密以能執持故名金剛拳」等。釋曰：印相法可解。其祕密義者，謂佛德金剛三昧法界智印，以印印之，由印力故能令成就法界菩提身。
字法界種，相形如圓塔，名法身塔。金剛拳者，佛堅智相也。以佛堅智持於法身，印智菩提能令成就堅牢德藏，故名封閉心殿，乃至名金剛拳等。頌「以大力印明，護身摧障法」者，經云「復分金剛拳為二及真言乃至皆得清淨」等。釋曰：謂已上初淨身口、次住堅智。又與菩提和合，德藏圓成故。加大力明王護身摧難，故云以此印頭上右旋等，如經可知。
頌「即結三昧耶，隨樂部尊法」者，經云「復結金剛蓮華及真言乃至得為尊主」等。釋曰：如上結護已，隨自樂為部主三昧耶印於心頂，然後念誦本部真言。經中唯有蓮華部三昧耶明印，餘四所無者，略故不列。若欲解者，唯改鉢頭摩句，安金剛句、寶句、羯磨句、法界句即是。餘句皆同，思之可解。印相亦隨句改之，如經下文具說其相也。若樂廣大觀察如來實相無盡莊嚴藏三摩地者，應當如後次第安立善觀察之。於此門下妙莊嚴相，依智種建立佛會。而為頌曰：
妙智淨內外， 依種子建立，
世界妙相法， 想諸佛所依，
成等正覺法， 如來神變相，
祕密三昧相。
頌「妙智淨內外」者，經云「復次淨妙智慧乃至等同虛空」等。釋曰：六塵六識等性空為體，一切所有皆悉一如。眾生執心於中對礙，欲建妙相先智除之，故云觀察內外皆無所有也。自性平等無初中後，故云又觀三世法等同虛空。入是空三摩地時，不見身之與心，內外寂，能觀所觀皆同一大空。若聲聞種姓多者，於中沈住，智不起動；外道於中起惡尋求，或見有邊、或見無邊、或見非有非無邊等，乃至各各別生於見等。菩薩於中智慧善巧，建立種種微妙相用，入佛境界得佛加持。佛加持故，於百千三昧出入無礙，即能遍至一切諸佛及諸菩薩大會之中，供養禮拜諮問法義，而身心不動不沒；即能遍入眾生界中，教化無盡諸眾生類，而其身心不著不礙。若能如是心不間斷正修行者，一念一時無前無後與如來等，即於此生滿足佛地。法如下說，隨所樂為。
頌「依種子建立世界妙相法」者，經云「即於下方想有琰字乃至既想如上諸部座已」等。釋曰：如上入大空三摩地已，即以決定妙智於下方空際想有琰字，黑光流布變為風輪。風輪大力持於地輪，輪皆黑色，是名風地種也。此中與毘盧遮那經文安立世界別也，應如彼說具足修行。如前想已，於地輪際布列劍字，放雜色光成輪圍山，名為甘露海岸也。以
字法界種子字大白色悲光，想成如來毘盧遮那於虛空中，名法身種也(注雨相，如經)。想鉢羅(二合)字，字放金色光，變為金龜，廣大無際吉祥種也。想𠶹哩字，放黃色光，為黃金蓮華，蓮華藏種也(其相如經)。想鉢囉(二合)吽等三字，放雜寶色光，成妙顯山(舊云妙高)，名堅勝法界座種也(其相如經說)。今人共號為須彌座者，從此立名，非是須彌盧山四寶所成者，此妙座高顯猶如彼山，故以喻之。山有八面，面各有門，於中空同，八大菩薩常所居宮也，而諸菩薩各據一面而演說法。於其室內，乃有十方諸佛微塵大會，此經略故不列，三藏教授次第具安立之，故云而有八面等。又想等五字者，謂於臺上以此五字上隨位而安布之。五字放光和合，共成四方大殿，於大殿中隨於字位結成五峯樓閣，名為五峯大殿也。其中莊嚴，如經廣明之，乃至莫呼羅伽等王奏妙歌舞等。各於樓閣下隨五字位成金剛輪漫荼羅等，一一輪內各有三種子字以為佛座，如經所明。於五座中字輪中種子所變成師子座者，師子者諸獸中王，於諸獸中遊行無畏，故盧舍那佛亦復如是，諸法之王，於諸法中變化無礙，故據師子座也。於吽字輪中種子所變為象座者，其象力用，諸獸力用無能過者，金剛部王共據其上表以堅力無罣礙故。於怛羅字輪中種子所變為馬座者，其諸世間尊貴吉祥莫先於馬，馬有慧用世以為寶，灌頂法王以之為座，表以灌頂具吉祥故。於纈哩(二合)字輪中種子所變孔雀座者，其諸世間以孔雀鳥而為瑞禽，此禽麗狀具種種色，復有明慧善應時宜，轉法輪王以之為座，表以轉大法輪不非器故。於阿字輪中種子所變加樓羅座者，此鳥威力能降諸龍，諸龍所居四大海中，迦樓羅鳥隨所向方龍即降伏，不空業王以之為座，表以智用隨方羯磨，攝引人天一切諸龍。無不歸者，謂佛菩薩隨攝隨歸，無有違者。如是次第應深知之，故云既想如上諸部座已等。頌「想諸佛所依成等正覺法」者，經云「次想諸部一切如來及十六大菩薩乃至無礙事業巧方便智」等。釋曰：此一段經文安立不次也，應云於前五部座上各想有月輪，於月輪中想有微妙蓮華臺蘂圓具，即於師子座上月輪中想有四面毘盧遮那佛，以諸如來所持之身坐彼座上。又想阿閦鞞等四方諸佛各據本座也。及十六大菩薩并四波羅蜜施設四種內供養、四種外供養及四攝菩薩等。及賢劫千佛菩薩、諸大金剛、二十八部等諸神，皆以本三摩地各各想彼差別記契等。此等事相，皆從毘盧遮那佛法界身圓輪光內而現。如是阿閦鞞佛諸如來等，坐此未久成等正覺，悉得一切如來普賢之心，乃至獲四灌頂智等(如經廣說之)。初云四面毘盧遮那者，釋曰：所謂鑁字輪中法身如來四面圓滿，向四方作三昧相也。
次下頌「如來神變相，祕密三昧相」者，謂已下諸門，五方如來、十六菩薩、四波羅蜜及內外四供養、四攝諸菩薩等，一一皆有無量甚深智用智門祕密境界無礙神變三昧之相，廣如下明。
第一一切如來普賢金剛三昧門。頌曰：
諸佛普賢心， 祕密神變相，
親承普教示， 授五菩提智(不別釋之)。
初頌「諸佛普賢心」者，經云「爾時金剛界至祕明」末。於中四門不同：一舉報、二顯體、三明行、四護念。經「爾時毘盧遮那佛」，此舉報也。釋曰：所謂行大日如來事，遍滿法界純以大金剛王而共圍遶以為宮殿，毘盧遮那處中而住。梵云毘盧遮那，此翻最高顯廣眼藏如來。毘者，最高顯也。盧遮那者，廣眼也。先有翻為遍照王如來也，又有翻為大日如來，此竝略而名義闕也。又此如來亦名佛菩薩眼如來，亦名諸佛菩薩母，亦名諸佛菩薩最上廣博清淨藏也，所謂諸佛菩薩依之明見故、諸佛菩薩於中出生故、一切賢聖於中住故。又此大日如來常住滿虛空法界量微塵等諸佛身相，一一身相皆無中邊，又無增減。故«毘盧遮那大經»說為無盡莊嚴藏三昧也。經云「持一切如來身以為其體」，第二顯體也。釋曰：無緣智明遍滿虛空，一切佛身即一佛身也。經「即入一切如來至三摩地」等，第三明行也。釋曰：此中云三昧耶者，正翻為等持三摩地。地者，正翻為等念(舊云等至)，謂遍一切處等持自智，即入一切如來智也。即入一切普賢智，持此智行猶如金剛，入有情界平等攝受而護念之故，«華嚴經»云「佛身普放大光明，色相無邊極清淨，如雲充滿一切土，處處稱揚佛功德。光明所照咸歡喜，眾生有苦悉除滅，各令恭敬起慈心。此是如來自在用(如彼廣說)。」經「從其至拔折羅薩埵」等，此第四護念也。釋曰：此中云阿毘三昧耶者，正翻為無上等持，舊翻為護念也，如«金剛般若»云「善護念」是，謂從諸佛一切普賢金剛智中出此祕明，故云無上，以此祕明加持有情令最堅牢故。祕明義者，一切有情皆是金剛也，故稱拔折羅薩埵。謂修行者起大悲心，以一切智願入普賢海住有情界，復以明心三業祕密加持，令諸有情住堅牢身。能如是入者，爾時行者身不至彼亦不住此，心不住此亦不著彼，滿法界量無前無後，以明智觀察令無障礙，入出相用分明不滯，如是入者是名得入普賢金剛最初行海。若展轉能入神變境界不滯不礙，是名入於一切如來普賢功德無盡藏海也。
頌「祕密神變相」者，經「說祕明時至既示現己」等。此中智用境界不同，有十二門：一依因、二顯本、三應實、四顯相、五顯力、六還源、七顯智、八示相、九明德、十顯實、十一普現、十二感應。經云「說祕明時從一切如來普賢之心」，此第一依因也。釋曰：一切諸佛現神變時非無因故，謂從如來智入普賢心，若不爾者礙而不遍。無智故有礙，無行故不遍。經云「為眾多月輪至菩提心已」，此第二顯本也。釋曰：謂菩提心者，萬德之源、眾行之本，是故如來先顯心相清淨圓滿猶如月輪，即大菩提相也。以此心相遍有情處，諸有情類數乃無量故曰眾多。一切有情遇菩提光皆得清淨，故云出現普淨一切眾生界也。發菩提心者應如是行，若越此者非菩提心也。經云「於諸佛所圍繞而住」，此第三應實也。釋曰：諸佛菩提勝相圓滿體性凝寂，離空不空，從佛心生還依佛住，以智力故不散不沒也。又佛加持故，不出於彼有情之心，而復等於諸佛法界身輪周圍而住。爾時諸佛菩提不增，有情菩提不減。入佛菩提應如是住。經云「於月輪中至拔折羅等」者，此第四顯相也。釋曰：佛心菩提依由智起圓凝而住，表空不空，各於其中現差別智相也，故云出現一切如來種種智拔折羅也。所謂於諸輪中一一智相也，即普賢菩提輪內現五股相，不空菩提輪中金剛鉤相，第三弓相，第四歡喜相，乃至十六大菩薩等各各智相，及四波羅蜜、四攝、四供養等一切眷屬差別之相也。如是之相皆是法界菩提周圍月輪之所出現。如是智相，於諸月輪所出現者，各欲顯有實相力變。又表如來智菩提業身無礙成就，令諸有情有勝修證，故如下門次第一一別明。經云「以其普賢至堅牢故」等，此第五顯力也。釋曰：謂各一切如來智菩提心有無礙用者，謂由如來普賢行遍一切處堅牢加持故，而能成就種種相用也，故云以其普賢故金剛薩埵三摩地極堅牢故也。經云「如來神力故入毘盧遮那佛心至一體」等，此第六還源也。釋曰：所謂如上佛心菩提及與智相，本從心起還入佛心，以表相用一體性故。以佛神力出入無礙，為欲成就一智相用遍一切處，故一切智相從此建立。應知一智即一切智、一切智即一智也，是故已下諸門皆云金剛薩埵三摩地極堅牢故。經云「又從心流出滿虛空界成立五峯光明」者，此第七顯智也。釋曰：謂如來一心一法界智遍一切處，常光照用應世分位，現五峯光明。光明者智也，即五智門也，顯法次第入有由故。五智門者，初金剛三昧智、次寶印灌頂智、三清淨法輪智、四羯磨妙業智、五如來法界智，此五智光即一切如來普賢藏相也。若有入者，從普賢心起菩提行，入如來處住五智相，念念遍法界光明，於四威儀念持不間，是人名為常住如來法界金剛三昧也。經云「時彼光至住佛掌中」等，此第八示相也。釋曰：謂一切如來五峯光明如法界塵數，各各體無中邊，佛神力故成就堅牢五股智相住佛掌中。此五智相從三輪生，即此三輪有十行相，一一行相皆佛智菩提之所成就，是故五峯上下十住位。此十行相攝諸有情常無動壞，是故令住如來掌中也。所以者何？欲令眾生所得堅牢等此無異故。若有有情見此相者，即見如來普賢菩提三業法界常住五智祕密光明也，是人以為一切如來共所護念者也。經云「復從拔折羅至世界」等者，此第九明德也。釋曰：如來智德無量無邊差別莊嚴遍一切剎，謂眾生無量故諸佛智德亦復無量。如是無量從一心三業五智光生起，令破有情種種五欲，成就有情無礙五眼、三身、五智，故云種種色相及遍照等也。經云「於光明五峯至如來身心」者，此第十顯實也。釋曰：此諸如來三業法界身輪實智妙相無量無邊，故以一切世界未為微塵，此諸世界尚不知數，況復為塵。一塵一佛如是眾多，一心智光遍照而住。如是觀者，是人得入一切諸佛現前三昧也。經云「遍周法界至種種神變及成等正覺」者，此第十一普現也。釋曰：一切諸佛五智光明法界實相不共無礙，善巧智力普於有情等救度故現此神變。神變者，名為普現一切色身三昧。謂眾生界無邊無量等雲海，故諸佛悲智亦遍眾生界如雲海，隨彼彼眾生類自在轉故，故云種種神變及成等正覺也。如是種種神變，皆是如來平等性智五峯光明法界實相之所成就也，佛子修行者亦如是入。經云「能令眾生至悉地智」者，此第十二感應也。釋曰：由佛神力應眾生心，一切眾生感而自發也。經云「能令眾生發菩提心」者，普賢菩提遍攝受故。能令眾生成就普賢無量行願者，普賢行海遍成就故。能令眾生奉事一切如來眷屬者，於善知識悉遍求故。能令眾生趣向大菩提道場者，於諸佛會念念入故。復能摧伏一切諸魔者，成就大智自在力故。速悟一切平等性智證大菩提者，佛功德藏悉圓滿故。轉正法輪教化成就無量眾生者，轉化轉化不斷絕故。令入如來神通最上悉地智者，一切眾生成就大智等佛力故。故云最上悉地。悉地者，此云成就，成就如來最勝智故。所謂眾生性欲種種差別，如來示現最上神變成就之相，欲令眾生皆自覺知具足已有諸佛普賢無盡功德莊嚴藏海。或有眾生於佛法中見說諸法空無所有，不解佛意，即為已得已證已滿。有因緣時，聞佛說此實相寶藏，心懷怯怖驚愕疾走，猶如窮子傭賃展轉遇到父舍，住立門側遙見其父踞師子床、寶机承足，諸婆羅門剎利居士皆恭敬圍遶，以真珠瓔珞價直千萬莊嚴其身，吏民僮僕手執白拂侍立左右，覆以寶帳出內取與，有如是等種種嚴飾、威德特尊。窮子見父有大力勢，即懷恐怖悔來至此，竊作是念：「此或是王、或是王等，非我傭力得物之處。」或有眾生聞佛說有莊嚴智藏實相境界，雖知此說不解佛意由不欣樂，猶如長者語窮子言：「我今多有金銀珍寶倉庫盈溢，其中多少所應取與，汝悉知之。我心如是，當體此意。所以者何？今我與汝便為不異，宜加用心無令漏失。」爾時窮子即授教勅，領知眾物金銀珍寶及諸庫藏，而無希取一食之意。然其所止故在本處，下劣之心亦未能捨。或有眾生聞佛說此無量智慧實相寶藏，便自思惟作是念言：「諸佛既有，我應可得。」如經云「父知子意漸以通泰，成就大志自鄙先心，乃至廣說，今我所有一切財物皆是子有，先所出內是子所知。」如«法華經»廣說。或有眾生聞佛所說如是祕藏，更無疑念，日夜精懃專心修習一切諸佛祕密寶藏希有神變，念念觀察無前無後，一時遍入佛普賢海自在無礙遊戲神通。如彼長者頓止一城，造立舍宅五欲自娛，乃至廣說。如上四種眾生，初二謂二乘種姓，第三謂漸次迴心入大乘者，第四一門謂從初發心便成正覺，常住佛乘智用無礙，能於十方作大佛事，是人即名真住佛乘入佛位者。故«梵網»云「眾生受佛戒，即入諸佛位，位同大覺已，真是諸佛子。」
頌云「現受教指」者，經從「既示現已至悉地果故」等。此中智用出入不同，義分為六：一攝相、二還源、三現請、四念應、五現法、六顯益。經「既示現已，為普賢故金剛薩埵至菩提薩埵身」，此第一攝相也。釋曰：謂大日如來普賢身心三摩地輪遍空塵界，其中有情即與如來智光明相和合一味，故«梵網»云「一切眾生皆有佛性。」一切諸意識色心，是情是心皆入佛性戒中。如是有情亦名為佛亦不名佛，功德智慧未明顯故。亦名普賢亦非普賢，隨分行願未淳醲故。名為有情亦非有情，如來藏性生缺減故。又普賢神力合無量身為一體相，一切眾生不出不沒，住佛心時亦復如是，故云為普賢故及薩埵身等。經云「住毘盧遮那佛心至偈末」等，此第二還源也。釋曰：此普賢菩薩現住佛心者，有二意：一表知普賢即是毘盧遮那、二令諸有情覺知自身不離佛心。如是覺已當作此念：「云何我等於佛心中造種種惡業？」是故一切眾生皆是一切如來普賢神力而持攝之，乃至如經說偈現薩埵身等，思之可解。經云「爾時普賢至請教示」等，此第三現請也。釋曰：謂普賢菩薩住佛心中得佛加持，佛加持故，從心出現住月輪中。月輪者，菩提心相也，表以菩提心即為法界故。即一切有情普賢菩提心之所攝持，為諸有情請佛教示也。普賢授教一切有情亦復如是，故«梵網»云「微塵菩薩眾，由是成正覺。」經「爾時世尊毘盧遮那入至三摩地已」者，此第四念應也。釋曰：謂如來設教皆不非量，欲令普賢及諸有情具一切智故，先入此三昧令其所應，故云入一切如來智三昧耶金剛三摩地。謂以諸佛等持之智護念有情，入是智三昧耶已現調伏事。經云「現一切如來尸羅乃至大智三摩地」等，此第五現法也。釋曰：所謂此現法者，是法名為大方便力精進大智三摩地也。其中具有一切如來十波羅蜜諸力不共等，以諸行次第戒為首故，先舉尸羅也。又此尸羅佛相授故，云現一切如來尸羅等持也。所謂一切如來等持此戒，此戒光明等持眾生，一切眾生即從此戒發生定慧，定慧發故便能解脫、解脫知見，知見無礙故轉正法輪，於是利益無盡眾生界，故云大智三摩地等。經云「盡一切眾生界至悉地果故」等，第六顯益也。釋曰：謂一切眾生得利益者，皆是如來等持智力，普賢菩薩普現色身三昧之力。此三昧力故，盡眾生界隨彼彼類應現其身而得自在力用，故云盡一切眾生界為自在救護主。皆令安住所樂之門，故云令得一切安樂悅意受用故。又令成就一切智果，故云乃至得一切如來平等性智神通摩訶衍那阿毘三昧耶。此具梵音，正翻應言大乘無上等持，所謂等持無上大乘護念眾生。一切眾生如佛住，故云剋獲最上悉地果故等。
頌云「授五菩提智」者，經云「爾時一切如來至復持金剛」等。此一段意者，欲令眾生具足如來普賢菩提心金剛法界祕密神變實相智印無盡莊嚴藏故。以五智印三昧耶灌普賢頂及一切眾生，授以智印。五智印者，一金剛智三昧、二寶印智三昧、三法輪智三昧、四羯磨智三昧、五一切如來法界智三昧。經「爾時一切如來為欲授彼悉地拔折羅故與普賢大菩薩」，此第一金剛智三昧也。釋曰：謂一切諸法自性清淨無諸垢染，以此智印決定印之，滿法界相圓凝堅牢不可動壞，入此三昧者名為諸佛普賢菩提金剛智印淨法界輪。若先入此一切智業金剛三昧，一切所作隨所堪任，猶如白素諸色之本。修此三昧亦復如是，諸佛智用功德依之建立。經云「受一切如來轉法輪位」，此位名轉法輪智三昧也。釋曰：從金剛三昧即授法輪位，此超勝也。但授此法輪位即具足一切法故，是故其次即云以一切如來寶冠繒綵而授與灌頂，此即法身灌頂相也。據«實相般若經»次第，亦初金剛三昧，次即法輪。若不授與法輪三昧，不堪展轉為教授主。若有菩薩具大乘見，通達方便善巧業用，不要次第一一別授，審察堪任即應為作傳法灌頂教示，猶如世尊教示普賢，當如是知。經「既灌頂已至偈末」，此第四羯磨智也。釋曰：謂一切加持威德智用皆名羯磨，故云既灌頂已而授與之乃至號為執金剛，是名加持也。既加持已，威德智用出過一切，故云爾時執金剛菩薩屈其左臂，乃至唱偈以我金剛復持金剛等。所謂普賢菩薩具足智力能轉法輪，是故如來以五智印而授與之。此五智印具足五相，所謂五股也。其中一股如來法界，其餘四股各屬所部。如上所說五智印門，一一復別五相灌頂之法：一者光明灌頂，謂諸佛菩薩放光加持也；二者甘露灌頂，謂以教主真言加持香水也；三者種子灌頂，謂部尊字門想布身心；四者智印灌頂，謂部主所執持印契加持；五者句義灌頂，謂部尊真言及思中義理想布身心。能解如是甚深次第，想念運用加持自他，是人堪授大阿闍梨位也，如灌頂門所說。題云「此是金剛薩埵三摩地一切如來菩提智第一」，釋曰：此題目也。梵本皆列於後，謂一切如來等持有情金剛菩提不動智輪也。具足正題應如是說。
第二金剛不空王大菩薩鉤召三昧門。述此意者，所謂一切諸法體性空寂，諸佛妙智依空而轉自在無礙，一切建立及不建立，依空不空智相常住，猶如虛空遍一切處照用無歇故。大空自在，無智無用無緣無依，為智所依。智唯實相、空非實相，空性唯空，無所得故；妙智不空，善巧用故。是以大日如來以一切智現其智相，名不空王也。極智妙相空稱之為王。此意者，欲令眾生具無礙智，而於空有不滯不礙。以五智相屈曲如鉤，能鉤眾生出空有海，能鉤諸佛聖智入眾生心，一切諸佛共加持故。若有菩薩作佛事時，執持此鉤往於十方界，諸佛菩薩如風疾至無能違者。若人持者持如來智，若人見者見如來智。有能觀想此契相者，是人速得一切如來大自在智甚深三昧。此智印力隨心攝召，皆悉成就一切如來及菩薩等所有三昧。以此智印普用攝持，無前無後一時滿足，是人即能受用諸佛及菩薩等無礙智力，是人即得無盡莊嚴祕密之藏。入此門者，生決定心，無疑惑心，發希有心。何以故？一切如來智願加持所成就故。
次下隨文釋意，大分有四。而為頌曰：
如來不空心， 祕密神變相，
親承請教示， 現授菩提鉤。
初頌「如來不空心」者，經云「爾時世尊及祕明」等。此中義分有四：一舉報、二顯體、三明行、四護念。經「爾時世尊毘盧遮那」，此第一舉報及顯體也。此文略，具足應云爾時金剛界毘盧遮那佛持一切如來身以為其體(如普賢觀所列)。阿闍梨集此經意，務取行取相，廣本重者皆略而不出。毘盧遮那佛，如前已釋，後亦準之。經「復入不空王大菩薩至三摩地已」，第三明行也。釋曰：此中云三昧耶及三摩地，如前已釋，後亦如是。所謂如來先入普賢心又入不空智，故云復入也。如來智相遍洽微塵身心，微塵身心一身心故。此一復入一切，一切皆入此一，顯發智用自在無礙，故云所生。加持者，謂從不空王智現其鉤相加持有情故。經云「從其心出及拔折羅囉闍」等，此第四護念也。釋曰：謂從不空王大菩薩心現召請相，此召請相不離佛心，故云名一切如來心等，菩薩及鉤皆佛心故。而此佛心堅過金剛，故說祕明云金剛王。金剛王者，梵云拔折羅囉闍也。以此祕明護念有情，一切有情住堅牢心。
頌「祕密神變相」者，經從「說此祕明時至種種神變等事已」，此中行相如普賢觀。出入相同，文略無者，準上可知。今如前建立，隨略而釋。經「說此祕明時從一切如來心即彼薄伽梵執金剛」，此因本二段文也。釋曰：前觀中普賢菩薩從佛心出成執金剛身，故此觀中以佛心金剛為因本，故云即彼薄伽梵執金剛也。薄伽梵，此正翻為世尊也。具足正翻，應云說祕明時從一切如來世尊執金剛心也，謂此不空王大菩薩從彼一切如來金剛心出故。經云「為一切如來眾多大鉤出已」者，此應實顯相二段文也。此中無月輪圍遶住等者，前門已說云於諸佛所圍遶而住，故此略而不具，但云從一切如來心即彼薄伽梵執金剛也。故前門云於月輪中出，即此執金剛即是普賢遍一切處菩提心輪執金剛也。種種智者，此中云一切如來眾多大鉤者，即種種智中之一智，一智即種種智也。應知此鉤亦在月輪中現，已下諸門準知。經云「還同一體入毘盧遮那佛心」，此顯力還源也。釋曰：此中無，以其普賢故金剛薩埵三摩地極堅牢故者，略也。上門已說，此準知，下亦如是，皆有如來普賢金剛威神力也。還源者，謂此鉤本依佛心出、還入佛心，欲顯此鉤是如來心故。經云「為金剛鉤住佛掌中」，此示相也。釋曰：此段文略，應具足云又從心出滿虛空界成金剛光明，時彼光明化為一切如來金剛身語意所成金剛鉤住佛掌中。唯有下句為金剛鉤住佛掌中，滿虛空明等準上門應知，下門亦如是。有能入此鉤三摩地者，應如上次第還入佛心。又從心出滿虛空界光明化如來三輪鉤，住佛掌中。如是觀者，是名入鉤三摩地，即得如來召請諸佛智印加持。經云「復從鉤中出現一切世界至神變等事已」者，此段亦略，準上應知，義亦如上。入此觀者，普現色身也。已下諸門亦皆準知。若入此普現色身觀，能令眾生發菩提心等感應之行。略而不說，準如上門皆悉具有，下門亦然。
頌曰「現授教旨相」者，經從「出不空王故至增上悉地果故」等。此中入出不同，義分為五：由不空王故及金剛薩埵乃至大菩薩身，此第一攝相也。釋曰：謂如來實相智印神變無礙故曰不空，即此智印諸智中勝故稱為王。以此智王護念眾生，令諸眾生受勝安樂。是智至處無能壞者故曰堅牢，以堅牢智攝諸眾生為一身相，其中眾生入出不礙，住一身中各令所安不覺不知，唯是菩薩了了知見。若有智者住此三昧亦復如是，即能攝受行利益事。經云「住於毘盧遮那佛心至偈末」等，此第二還源也。釋曰：不空王住佛心時，一切眾生亦住佛心。此一不空王住佛心時，一切世界微塵等不空王皆住佛心中。如«梵網經»云「各接微塵眾，俱來至我所。」即其相也。說此偈言等，如經思之可解。經「時彼不空王至復請教示」，此第三現請也。釋曰：謂不空王大菩薩住前所現普賢菩薩周圍月輪，為諸有情請佛教示。此一不空王請時，彼彼一切世界微塵不空王亦如是請。此中闕感應文，如前門所說更不復出，後亦準之。經「爾時世尊入一切如來至為一切如來鉤召三摩耶」等，此第四現法也。釋曰：所謂此法門名一切如來金剛加持鉤召，故云鉤召三昧耶。此鉤從普賢金剛五智印轉轉現，故能廣利益諸有情界也。經「盡眾生界攝召一切至悉地果故」等，此第五顯益也。釋曰：謂五智印鉤召等持力，一切如來加持故。若有持念此三昧耶，一切如來及菩薩眾一時集會，隨彼彼念為作利益，故云悅意受用等。若有眾生從初發心與諸如來普賢菩薩等量發者，如是菩薩即是如來。由心等故，諸佛加持。由加持故，於佛法界五智印上更增上妙智廣大自在，故云增上悉地果。
頌「授智菩提鉤」者，經從「以金剛鉤授彼乃至偈末」等。釋曰：此中授灌頂法，具光明等五種，如前門所列。此中略有二相，餘三隱而不出，但作即具用為之。二相者，所謂智印及鉤，即名號而與灌頂等也。時不空王受此鉤已諸佛隨集，故云以彼金剛鉤召請一切如來已。眾生受者，亦復如是。有見聞者，諸罪消滅、聖賢護念。若非授而輒受持求悉地者，於如來智自在力用即不成就，是故佛言：是人盜法，被諸鬼神之所損壞。說此偈言等，如經可解。經「此是不空王大菩薩三昧耶一切如來鉤召智」，第二此題目也。正翻應云一切如來鉤召智等持不空王大菩薩觀門，義如上釋。
第三一切如來摩羅大菩薩三昧耶智印實相門。述此意者，謂如來悲智甚深微密，亘無盡界違順染淨，是故如來現其智相名曰摩羅，能令樂染淨者不得自在。摩羅者，具足梵音云摩爛拏，此正翻為殺者，如其智印所謂弓箭。謂或有菩薩成等正覺，住清淨處，不樂隨於雜染世界成就眾生，以此智印力能擊射，攝之不令久住，故以染智攝彼淨智，故名殺者。或有菩薩發廣大心作大佛事，有佛菩薩住於自宮不助其力，而此菩薩即以此智印向彈擊之，彼佛菩薩便當隨喜而共加持。佛智神力無有違者，此即殺淨而順染也。又諸眾生恒為一切煩惱堅牢染縛，而不信受佛清淨法，爾時菩薩以此智印而擊射之，彼所堅縛即便破壞，以清淨法而用染之，一切眾生以是因緣開示悟入佛之知見，此即殺染而順淨也。是故如來以摩羅智於染於淨皆能染淨也。又此次第者，謂入初普賢金剛三昧耶遍能觀察一切如來，遍能了知諸佛境界得不空智，爾時如來便以智印而用加持。得加持已，便能集會一切如來及諸如來無盡智藏，嚴自智界作大佛事，便能承事一切如來，而諸如來護念不捨，是以染智據次而說。如是次第，皆是如來普賢金剛三昧智用一合實相甚深境界，以聲字相次故別轉耳。後後所說，準應知之。次下釋文。頌曰：
如來奉事心， 祕密神變相，
現請教旨者， 授菩提弓箭。
「如來奉事心」者，經云「爾時世尊復入及拔折囉邏伽」等。釋曰：謂從普賢菩薩菩提金剛三昧入佛境界，加持眾生相續便入不空王相而作佛事，轉住即入此奉事門，故云復入等。如上準知。言奉事及染愛者，謂奉事如來及以眾生。以奉事如來故如來愛樂，以奉持眾生故眾生離苦。又謂由染愛如來故如來護念，由染愛眾生故眾生解脫。是以名為染愛之智，故說祕明云拔折囉邏伽也。祕密義者，謂金剛愛染奉持也。
頌曰「祕密神變相」者，經從「說此祕明時至神變佛事已」等。釋曰：此中神變入出合散，皆如普賢金剛行相耳。唯此中契相別者，所謂華器仗弓箭等，是如來彈擊智也。其契兩頭皆有蓮華，故云華器仗，華器仗即是弓箭也。此智猶如主立彈官彈擊非法。謂二乘樂寂自謂究竟，此非法也。菩薩位地悲智不等，此非法也。一切眾生常樂諸欲習諸邪道，此非法也。乃至假使有佛及一切賢聖悲智不等，皆是非法也。是故大日如來現此智相，令諸菩薩習正行者持此智印，承事諸佛、攝受眾生隨意無礙。
頌曰「現請教旨相」者，經從「由至極殺故至最勝悉地果故」等。釋曰：謂以諸佛境界入眾生界，和合為一成妙智相。在左月輪為諸眾生現請因緣，故云為摩羅大菩薩身。而此大菩薩善巧智相奉事如來，如來雖已離於愛染，由善巧故諸佛愛念，如世恩愛不相捨離，故攝為一體。住於自心說調伏偈，如經可解。次菩薩出現請教示相，如來復入念其所應，乃至一切獲得勝益，故云最勝悉地果故等。此中句義已如上釋，更不繁詞也，依經思之可解耳。
頌「授菩提弓箭」者，經「彼金剛弓箭乃至一切安樂」等。釋曰：灌頂之法，略如前釋。授此智相而說偈等者，欲令菩薩及諸有情見聞此法，受持修行不生疑礙，故云此是諸佛無垢染智。能以染愛染離愛者，悉能授與一切安樂，是名彈擊智印，即弓箭之表也。乃至題目，法義準知。
第四一切如來善哉智金剛踊躍大菩薩三昧門。述此意者，所謂諸法智性空寂清淨，一切如來以此智道綱紀有情，而諸聖賢未達源際以為差別。縱其入者太過，即空見之甚也；其未入者不及，即愚凡之極也。而此二輩行雖殊異，太過不及皆來入故，於諸如來功德智藏不生忻樂亦不稱歎，大智明見慜斯輩故現此智相，名曰善哉。遇斯光者便生踊躍，故號此智名歡喜王。其次第者，謂成就如來普賢菩提金剛智藏鉤弓神變妙莊嚴相，彼無智住空者縱令得見，皆不隨喜亦不稱歎，故佛訶言如盲如聾。所以如來大智善巧力故，為利斯輩現善哉智，灌菩薩頂及諸眾生。若入功德門者，持此法印而稱祕明。一切諸佛無不稱善者，佛稱善故，彼住空者雖不喜樂亦皆稱善，以稱善因緣漸當覺悟。由一切聖賢稱歎故，其修行者踊躍無量，故以漸次第四而說。即此第四智，即前普賢金剛三昧一切用智其中祕密神變境界，更亦不別列，以一相故應知。
次下釋文，文有四門。而為頌曰：
如來歡喜心， 祕密神變相，
現請教旨故， 授彼善哉智。
經「爾時世尊復入歡喜王至娑度」等者，此如來歡喜心也。釋曰：謂從前三昧出，又入此歡喜王三昧，故言復入也。三摩耶，等持義，如上釋。祕明云拔折羅娑度，正翻為金剛善哉。此聲句遍加持故，能破不善入善品中，彼不歡喜者皆生歡喜，故稱金剛善哉。此善哉智極堅牢故。
經「說此祕明時至神變等事已」等者，此祕密神變相也。此中行相，一如普賢觀法。
經「以極歡喜故金剛薩埵至悉地果故」等者，此現請教旨故也。其中出入行相，皆如前已釋。此中云無上踊躍最勝味者，謂彼住空之類愚下之徒，如來善巧現斯智相，隨彼彼類令生歡喜。由歡喜故獲殊勝加持，以是因緣得入如來功德藏海。此是諸佛味故，故云無上踊躍最上味也。
經「以金剛歡喜授彼至偈末」等者，此授彼善哉智也。謂此菩薩以得灌頂智，此灌頂智者從佛普賢金剛心所出生，無退住相，故曰金剛踊躍也。佛加持故便說偈言，如經所說可解。下所題目，準上應知。次結云已上四菩薩竝是金剛部中金剛方阿閦佛眷屬，都號為一切如來大三昧耶薩埵。謂此四菩薩住東方金剛界不動如來所前後左右，於菩提輪內現神變已圍繞而住。此謂一切如來菩提四智相金剛輪，此菩提輪遍周法界，同而不同，純金剛相而為嚴飾。內外供養及四攝等，皆於其中嚴持而住。所以此經先東方者，謂起作之初門、應物之源序故。諸佛說法，先照東方次及餘方，如日初出東方先明，次照餘方一切皆明。又如四洲眾生，但日出處皆呼為東。東者最初之義，非世方分之稱也。此金剛菩提三昧亦復如是，欲入佛法海者皆從此入，便以智入如來境界。此金剛三昧能破壞非法、能成就正法、能除滅障礙、能堅牢法界，以無礙智運轉觀察，無前無後。入此金剛法界相妙莊嚴藏，如前所說令其成就。既成就已，復入如來虛空藏三昧，下次第說。
為報佛恩祖德，謹開印板傳之來葉矣。
正應四年(辛卯)七月十八日
沙門慶賀
高野山於往生院
寶藏院開板之❁